1年間に支払った医療費が一定額（目安は10万円）を超えたら、確定申告をすることで税金が戻ってくる――それが医療費控除（いりょうひこうじょ）です。会社員でも、年末調整では受けられず、自分で申告すれば納めた税金の一部が戻ります。この記事では、医療費控除のしくみ・いくら戻るのか（計算と勘違い）・対象になる費用・セルフメディケーション税制・手続きの3ステップまでを、脳神経内科医がやさしく解説します。
結論から言えば、「1年の医療費が10万円（総所得200万円未満は総所得の5％）を超えた分が控除の対象。ただし戻るのは『控除額×税率』で全額ではない。高額療養費や保険金で戻った分は差し引く。手続きは確定申告」です。市販薬で使える「セルフメディケーション税制」との選択制も押さえておきましょう。
監修：今村久司（脳神経内科専門医）
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▼ 解説動画（約4分・ナレーション＋字幕つき）
目次
- 医療費控除とは？ 払いすぎた税金を取り戻す制度
- 対象になるのはいくらから？（目安10万円）
- いくら戻る？ 計算式と「よくある勘違い」
- 高額療養費・保険金で戻った分は差し引く
- 対象になる費用・ならない費用
- 市販薬の特例「セルフメディケーション税制」
- 手続きの3ステップ
- よくある質問（FAQ）
- 参考文献
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医療費控除とは？ 払いすぎた税金を取り戻す制度
医療費控除は、1年間（1月1日〜12月31日）に支払った医療費が一定額を超えたとき、その分だけ税金の計算のもとになる所得（課税所得）が減り、所得税や住民税が軽くなる制度です1。すでに納めた所得税の一部は、確定申告によって還付（払い戻し）されます。
ポイント：会社員も、医療費控除は年末調整では受けられません。自分で確定申告をする必要があります。なお、生計を共にする家族（配偶者・子・親など）の医療費も合算できます。
対象になるのはいくらから？（目安10万円）
控除の対象になるのは、1年の医療費のうち10万円を超えた部分です1。ただし、総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく「総所得金額等の5％」が基準になります。たとえば総所得が150万円なら、7万5千円を超えた分が対象です。
いくら戻る？ 計算式と「よくある勘違い」
医療費控除額は、次の式で計算します（控除額の上限は200万円）1。
医療費控除額 ＝ 1年の医療費の合計 −（保険金などで戻った分）− 10万円
（総所得200万円未満の人は10万円のかわりに「総所得×5％」）
よくある勘違い：「10万円を超えた医療費がまるごと戻ってくる」と思われがちですが、戻るのは『控除額 × 所得税率』です。たとえば控除額が10万円で所得税率が10％の人なら、戻るのは約1万円（＋住民税の軽減）。控除額がそのまま戻るわけではありません。
たとえば1年の医療費が20万円（保険金などの戻りなし）なら、20万円−10万円＝10万円が控除額。所得税率10％の人で約1万円が戻る計算です。所得税率は所得が高い人ほど高く、戻る額も大きくなります。
高額療養費・保険金で戻った分は差し引く
医療費控除の対象は、あくまで「実際に自分が負担した医療費」です。そのため、高額療養費の払い戻しや、民間の医療保険の給付金、出産育児一時金などであとから戻ってきたお金は、医療費から差し引いて計算します1。二重に得をしないためのルールです。高額療養費については、こちらの記事でくわしく解説しています。
対象になる費用・ならない費用
| 対象になる（○） | 対象にならない（×） |
| 診療・治療費、入院費、薬代 通院の交通費（電車・バス） 歯の治療、医師の指示によるもの |
美容目的・健康増進・予防 異常がなかった人間ドック 自家用車のガソリン代・駐車場代 |
※人間ドックや健診で重大な病気が見つかり、引き続き治療を受けた場合は、その健診費用も対象になります。
市販薬の特例「セルフメディケーション税制」
ドラッグストアなどで対象の市販薬（スイッチOTC医薬品など）を1年で12,000円を超えて購入した場合、超えた分（上限88,000円）を所得から控除できる特例がセルフメディケーション税制です2。健康診断や予防接種など「一定の取組」をしている人が対象になります。
注意：セルフメディケーション税制と通常の医療費控除は選択制で、同じ年に両方は使えません。申告後に変更もできないため、医療費が多い年は通常の医療費控除、市販薬中心の年は特例、とどちらが得かを比べて選びましょう。
手続きの3ステップ
- 1年分の領収書を集める：家族の分も含め、1月〜12月の医療費の領収書をまとめます。
- 医療費の明細書を作る：「医療費控除の明細書」に金額を記入します（健康保険の「医療費のお知らせ」を活用できます）。
- 確定申告で提出する：明細書を添えて確定申告します。領収書は提出不要ですが、5年間の保管が必要です。
確定申告はその年の翌年（通常2月16日〜3月15日ごろ）に行いますが、還付申告は5年前までさかのぼって申告できます。「去年出し忘れた」という場合でも間に合うことがあります。
よくある質問（FAQ）
Q1. 医療費が10万円を超えていなくても受けられますか？
総所得金額等が200万円未満の人は、「総所得×5％」を超えていれば対象です。10万円に届かなくても受けられる場合があります。
Q2. 家族の医療費もまとめられますか？
生計を共にする家族の医療費は合算できます。収入の多い人（税率の高い人）が申告すると、戻る額が大きくなりやすいです。
Q3. 通院の交通費は対象ですか？
公共交通機関（電車・バス）の交通費は対象です。自家用車のガソリン代や駐車場代は対象外です。
Q4. 市販薬は医療費控除の対象になりますか？
治療のための市販薬は通常の医療費控除の対象です。一方、対象OTC薬を12,000円超買った場合はセルフメディケーション税制も使えますが、通常の医療費控除とは選択制です。
Q5. 去年の分を申告し忘れました。まだ間に合いますか？
還付申告は5年前までさかのぼって行えます。領収書が残っていれば申告できる場合があります。
参考文献
- 国税庁 タックスアンサー No.1120「医療費を支払ったとき（医療費控除）」 国税庁
- 国税庁 タックスアンサー No.1129「特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）」 国税庁
※本記事は一般向けの情報提供であり、個別の申告・税額の最終判断は国税庁の案内や税務署、税理士にご確認ください。内容は2026年6月時点の情報に基づきます。
